هناك مسائل كثيرة مجهولة في علم الإملاء معلومة في العلوم الأخر، مثل:
1- بدء التأليف، في غير مبحث الهمزة الذي بدأه الخليل، ومبحث الترقيم الذي وضعه أحمد زكي سنة 1912.
2- متى ضم مباحث هذا العلم وإنشائه؟ ومن الذي ضم وفعل؟
3- ما مظان البحث في هذا الشأن؟ أكتب رسم المصحف وتاريخه؟ أم الكتب الأدبية الكبيرة؟ أم كتب الخطوط التي تهتم بصور رسم كل حرف وفق أنماط الخط ومقاييسه؟
4- ما الجامع الذي رآه منشئ العلم بين هذه المباحث حتى جمعها تحت عنوان هذا العلم؟
5- ما التأثير المتبادل بين علم الخط وعلم الإملاء؟